Urodzony w Tucholi szlachcic (niektóre źródła podają datę 1544) bardzo szybko objawił swoje talenty dyplomatyczne i militarne. Starannie wyedukował się w Chełmnie, potem był towarzyszem wypraw wojennych Stefana Batorego i książąt Michała i Janusza Zasławskich, posłował też na dwór sułtański. Ponieważ jednak w sprzeczce zabił królewskiego pokojowca, musiał uchodzić z Polski. Kilkanaście lat spędził we Francji, po czym w 1599 roku przybył na Maltę, wstępując w szeregi zakonu. Przez kolejnych osiem lat wsławił się odwagą i umiejętnościami w nieustannych wyprawach wojennych przeciwko muzułmanom. Szczególną chwałę przyniosło mu zdobycie twierdzy Lepanto (Naupaktos) w maju 1603 roku, które dokonało się po wysadzeniu przez Nowodworskiego bramy wjazdowej do fortecy. Służba w zakonie przyniosła mu zaszczyt komandora. Uznawany był za eksperta w sztuce oblężniczej i wiedzy o materiałach wybuchowych.

Stęskniony za Polską, wrócił do kraju, został zrehabilitowany i walczył w wojnach moskiewskich. W 1617 roku ufundował szkołę w Krakowie (dziś I L.O. jego imienia), próbował także dokonać reformy systemu dowodzenia w Królestwie Polskim poprzez utworzenie stałego, zawodowego korpusu 250 stale kształcących się oficerów. Zmarł w Warszawie w 1624 roku.